Το Ναυτικό Μουσείο Χίου έρχεται να καλύψει ένα σημαντικό κενό της ναυτικής ιστορίας του νησιού, που κανένα άλλο ίδρυμα στην πόλη της Χίου δεν καλύπτει αυτή τη στιγμή. Είναι, άλλωστε, σε όλους γνωστή η μακραίωνη προσφορά των Χιωτών στη ναυτιλία και στο εμπόριο. Από τους βασικούς στόχους του Μουσείου είναι να εικονογραφήσει με τον καλύτερο δυνατό τρόπο το σημαντικότερο κομμάτι της ζωής του νησιού, συλλέγοντας αντικείμενα και ταξινομώντας ιστορικά στοιχεία της ναυτικής παράδοσης του τόπου καθώς και τις εξελίξεις της ναυτιλίας και των εμπορικών πλοίων.

Στις δραστηριότητες του συμπεριλαμβάνονται διαλέξεις και συνέδρια με θέματα πάντα σχετικά με την Χίο και τη ναυτιλία καθώς και συνεργασίες με άλλα ναυτικά μουσεία του ελληνικού Αρχιπελάγους. Πυρήνα του Ναυτικού Μουσείου απετέλεσε η μικρή αλλά σημαντική συλλογή της Προοδευτικής Εκπολιτιστικής Ένωσης Βροντάδου (ΠΕΚΕΒ) η οποία εμπλουτίστηκε με δωρεές και άλλων εκθεμάτων, κυρίως ομοιώματα και εξαρτήματα πλοίων.

Στα αξιόλογα εκθέματα της ΠΕΚΕΒ περιλαμβάνονται αρκετά πορτρέτα ιστιοφόρων και ατμοκίνητων πλοίων Χιωτών καραβοκύρηδων, έργα του Χιώτη πλοιογράφου Αριστείδη Γλύκα (Βροντάδος 1870 -1940), πραγματικά αριστουργήματα της λαϊκής τέχνης του τέλους του προηγούμενου και των αρχών του εικοστού αιώνα. Στη συλλογή της ΠΕΚΕΒ ανήκουν επίσης και αντικείμενα τα οποία χρησιμοποιούνται κατά τη ναυσιπλοΐα. Ομοιώματα πλοίων, διαφόρων περιόδων, συμπληρώνουν τα εκθέματα καθώς και σπάνιες φωτογραφίες από τη ναυτική ζωή. Ειδικό βάρος έχει δοθεί στην περίοδο της ναυτιλίας μετά τον Β' Παγκόσμιο Πόλεμο με τα χαρακτηριστικά πλοία Liberty καθώς και πλοία άλλων τύπων που κατασκευάσθηκαν κατά τη διάρκεια του πολέμου και απετέλεσαν την αρχή της ανάπτυξης της μεταπολεμικής ελληνικής ναυτιλίας.